если я правильно понял, в когда в чате постят ссылку, при нажатии на нее окно чата закрывается? ну дык ессно, ссылка-то открывается в последнем окне, в котором апплет чата.

могу посоветовать после входа в чат открывать новое окно браузера

и как временное решение могу сделать ссылки в чате некликабельными