Если продавали по-настоящему, а не "по доверенности", то см. ниже.

Я бы заплатил сколько положено по закону (см. Налоговый кодекс, главу про транспортный налог), к копии квитанции приложил бы письмо со своим объяснением (почему заплатил меньше) и копию какого-нибудь документа, подтверждающего факт продажи в апреле (справку-счет или ПТС с отметкой о снятии с учета), после чего все "досье" отправил бы заказным с уведомлением в налоговую.

На телефонные предложения инспектора придти к нему пообщаться не вестись, все общение - только письменно. Если будут угрожать - слать нах. Мне тоже когда-то угрожали передать дело в налоговую полицию - и что? Нету больше налоговой полиции