Ну такие вещи обычно в соглашении оговариваются - либо оплата берется за процесс в целом до вступления решения суда в законную силу, либо оговаривается, что за каждое заседание сверх оговоренного количества идет почасовая оплата, либо оплата идет за каждую инстанцию + работа с исполнением решения. Как правило за такие процессы я беру фиксированно, т.к. примерно знаю сколько (даже с учетом возможного приостановления производства по делу) заседаний это займет. Редко бывает больше 6, но в некоторых делах (особенно наследство, признание брака недействительным, раздел общего имущества) бывают неожиданности - встречные иски и т.д.
Тогда просто пересматриваем соглашение (в начальном соглашении всегда указываю на возможность пересмотра условий в части оплаты).