NTFS - журналируемая файловая система. Если во время транзакции что-то не так прошло (например, сбой питания), то все восстановится как было ("откат транзакции"), фату же придется лечить карму полчаса. Естественно, ведение журнала транзакций - это лишние действия, поэтому НТФС и (чуть-чуть) более медленная.

Далее, в НТФС встроены механизмы защиты, в ФАТе на уровне поддержки ФС этих механизмов нет. Ну и уже упомянутые ограничения по размерам файлов.

Файлы больше 4 ГБ - сколько хочешь. Сплошной кусок "сырого" видео с профессиональной камеры может и больше весить.

Искренне ваш,
Чайка