Пусть у ИП голова болит. Мой совет с противоположной стороны. Когда будете уходить возьмите справку о зарплате в свободной форме за последние 6 мес. работы. так же возмите в налоговой за эти же месяцы справку по форме 2НДФЛ.Во первых вы увидете что и как за вас платилось и это очень хороший рычаг на ИП в случае конфликта.

За вас он должен платить подоходный 12% и пенсионный 1%. Все это сверху полученной на руки.
Кстати, если ИПшник докажет что выдавал вам на руки начисленную зарплату, то оплата налогов будет вашей обязанностью. Что написано в трудовом соглашении или договоре. Кто платит налоги?