Вильнюс наименее интересный из трех прибалтийских столиц. ИМХО
Но съездить можно.

Самым интересным мне показался Таллин.

С шенгенской визой имеет значение первое пересечение границы. Далее можно ездить по шенгену без проблем.
Можно не возвращаться в Ригу, а вернуться прямо из Вильнюса, например.

Изредка дают национальную, а не шенгенскую визу.
С ней нельзя перемещаться за пределы выдавшей страны.
На границах внутри шенгена очень редко проверяют документы, но могут.