Если есть австрийская виза, могу предложить такой вариант.
1. Открываете 2-х кратную транзитную чешскую визу. Проблем с этим не будет, можно уложиться в один день. Консульство в р-не Маяковской.
2. Вылетаете утренним рейсом в Калининград. У Аэрофлота сейчас акция - билеты по сниженным ценам, по-моему Калининград и обратно 59 у.е.?. К кому обращаться на форуме, знаете. Лучше лететь утренним рейсом.
3. В Калининграде смотреть не фига и в 16.00 на автобусе уезжаете в Гданьск. Цена - 200 рублей.
4. В Гданьске размещаетесь и на следующее утро смотрите город. Можно задержаться на два дня и съездить в Мальборк.
5. Из Гданьска, поездом в Варшаву (10-15 долларов, если не покупать экспресс), где за несколько часов можно обойти все достопримечательности и ночным поездом уехать в Прагу.
6. Два дня на Прагу (я не знаю точно, на сколько дается чешская транзитная виза), оттуда в Австрию (Вена) опять же поездом.
7. Обратно, из Вены минуя чешскую територию в вагоне поезда, в Краков (1-2 дня в Кракове).
8. Из Кракова, через Варшаву или Гданьск в Калининград и обратно в Калининград.

Можно ехать напрямую в Варшаву, но по деньгам это будет тоже самое, если конечно не экономить и передвигаться прямым поездом Москва-Варшава. Возможен вариант с пересадкой в Бресте, но это очень хлопотно и не намного дешевле.